在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始(🐀)了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类(🐝)世界的和平(⌛)。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩(🥌)作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配(🙉)音）、井之上京（(🏫)夏树(📰)莉绪 配音）、(💉)火田伊织（夏树惠 配音）等人(🐢)，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等(🌎)，还有新的数码宝贝(🕳)参与。于是，在第一代数码人的带(🦖)领下，新的(🎾)数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……