在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部(👿)却没有太平多少时日，就又开始了纷(🍠)争。数码世界急需一批(📒)被选中的(🛩)孩子来维护数码世界和(🔛)人(🔽)类(🖤)世界的和平。太一(🤽)、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多(🐰)精力和时间能够和数码宝贝们(🆚)一(🔮)起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪(⬜) 配音）、火田伊(🎌)织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……