在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷(🕌)争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿(🕵)和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们(🦕)一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲(🍨)子 配音）、(🐻)井之上京（夏树(🕓)莉绪 配音）、火田伊织（(🍪)夏树惠 配音）等人，和(🦈)他们一同(🐎)战斗的除了亚古兽、加(😘)布兽等，还有新的数(⏫)码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同(⛸)邪恶势力的作战……