在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批(😜)被选中的孩子来维(📡)护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等(🆖)人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间(🦊)能够和数码宝贝们一起并肩作(🕰)战，只有阿武和小光成为(🦓)了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子(🚡) 配音）、井之上(🍦)京（夏树莉绪 配音(📥)）、(✊)火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同(🚉)战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝(🈸)贝和守护者们开始了同邪恶(🐘)势力的作战……