在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数(🛎)码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和(🍢)人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后(🌭)成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战(🛫)，只(🚂)有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选(⌛)中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音(🥉)）、火田伊织（夏(👙)树(🎴)惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新(👦)的数码宝贝参与(🍱)。于是，在第一(😘)代数码人的带领下，新的数码宝贝和守(💺)护者(👗)们开始了同邪恶势力的作战……