工藤(⏩)新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造(🍋)不少间谍武器。为(🌿)了防止犯罪团伙对他进行报(🚭)复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一(🖱) 的女(⤴)友毛利兰来(🈴)到了阿笠(☔)博士的家寻找(🙂)男友的下落，被小兰撞见的新一情(🦏)急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居(😁)在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜(🔶)人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！