工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追(🤤)查黑衣人犯罪团伙时(👎)不幸被团伙成员(🚢)发现(🍠)，击晕后喂(🧝)了神奇的药水(🕒)，工(🍕)藤新一变回了小孩！新(🚽)一找(🏚)到(🐡)了经常帮助他的阿笠博士，博士(😅)为他度身打造不少(🔵)间谍武器(⛳)。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！