将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟(🛃)由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服(🤜)纽(😸)约(🚵)市，秘密培养了一支远古怪兽(❌)组成的军队，加上(🎹)恶名昭彰(🗓)的忍者组织(😆)Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的(👟)角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状(🕵)态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！