圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协(🎛)议的大厦门外，无(🚰)数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展(📼)开无差别(📇)屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火(🕯)种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了(⛽)全身义(🦑)体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其(😣)身上似乎(📋)隐藏(🍘)着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积(🏭)上校（庆长佑香 配音）(💁)，而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙(🎓)在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相……