为了救神谷薰（(🍄)武井咲 饰），绯村剑心（佐藤(🐸)健 饰）(🏺)纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他(🙋)飞天御剑流的师父比古清十郎（(⏹)福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（(🎞)小泽征悦 饰）(🏴)对刽子手拔刀斋(🍘)发布全国(😆)通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度(🛃)上路的剑心率先遭到御庭番众的(👜)首领(🏀)四乃森苍紫（伊势谷友介 饰(😄)）的阻击，他一路披荆斩(😚)棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……